Στο θέμα των Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων (ΜΚΟ) αναφέρεται ο Θανάσης Οικονόμου σε σχετική ερώτηση που κατέθεσε προς τον Υπουργό Εξωτερικών Δημήτρη Δρούτσα. Στην ερώτηση ζητείται από το ΥΠΕΞ να παρουσιάσει τη λίστα με τις ΜΚΟ που χρηματοδοτήθηκαν την περίοδο Μάρτιος 2004 – Σεπτέμβριος 2009, καθώς επίσης και με ποια ποσά. Επισημαίνεται ότι η τωρινή ηγεσία του Υπουργείου Εξωτερικών έχει διακηρυγμένη θέση για περιστολή των εν λόγω δαπανών στο πλαίσιο της δημοσιονομικής συγκυρίας και ήδη ο κ. Δρούτσας προχώρησε με εγκύκλιο του στην αναστολή έκδοσης νέας πρόσκλησης ενδιαφέροντος, παγώνοντας ουσιαστικά νέες χρηματοδοτήσεις.
Αναφερόμενος στο θέμα και ερωτηθείς σχετικά από αθηναϊκή εφημερίδα, ο Θανάσης Οικονόμου δήλωσε πως «οτιδήποτε αφορά χρήματα των πολιτών πρέπει να υπόκειται σε αυστηρό έλεγχο, ανεξάρτητα από κόμματα, ακόμη και με τη συνδρομή των δικαστικών αρχών. Υπάρχουν πολλοί αετονύχηδες και περιπτώσεις οργανώσεων-σφραγίδα. Είναι χαρακτηριστικό ότι έχουμε 10 φορές περισσότερες ΜΚΟ από όσες έχει η Γερμανία! Χρειάζεται πιστοποίηση των ΜΚΟ και σαφές πλαίσιο απολογισμού δράσεων, ώστε να υπάρξει διαχωρισμός ανάμεσα σε ΜΚΟ, που κάνουν διασπάθιση δημοσίου χρήματος και σε αυτές που πραγματικά υπηρετούν σκοπούς της κοινωνίας των πολιτών». Σύμφωνα με πληροφορίες, η ηγεσία του ΥΠΕΞ είναι αποφασισμένη να ξεκαθαρίσει τη λίστα με τις ΜΚΟ και να «ζητήσει λογαριασμό» σε όσες κατασπατάλησαν δημόσιο χρήμα, ακόμη και με προσφυγή στη Δικαιοσύνη.
